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少量氫氰酸進入體內後，可在肝臟中經硫氰酸酶催化，轉化為硫氰化物，而隨尿排出。當大量氫氰酸被吸收而超過肝臟的解毒功能時，則氰離子主要與細胞色素氧化酶的鐵結合，抑制氧化酶的活性，失去傳遞氧的作用，破壞組織的氧化過程，阻止組織對氧的吸收，而導致機體缺氧。同時，由於組織細胞不能從血液中攝取氧，因此血液中氧合血紅蛋白異常增多而呈鮮紅色。另外，腦組織對缺氧異常敏感，引起嚴重的中樞神經機能障礙，最後導致呼吸中樞和血管運動中樞麻痹而迅速死亡。