【用戶】NAlexE
【年級】大一上
【評論內容】Chymotrypsin 剪 Tyr Y, Trp W, Phe F, (Leu, L)Oxyanion hole 放置O-結構的地方Hydrophobic pocket 給被切的胺基酸放置親酯性基團的位置 (受質都是親酯性A.a.)1. Serine 195 和 His 57 Imidazole基團 的交互作用使得Serine的-OH上產生一個醇鹽基對親脂性A.a.的 C端 進行親核性攻擊 形成一個 tetrahedral acyl-enzyme 2. 接著受質(中間物)出現一個短暫的O-，由 Serine 195 和 Glycine 193 形成氫鍵穩定在Oxyanion pocket中(注意此時Serine以酯鍵和C端連結)3. 但胺基酸上的O-仍很不安定，因此和連結自己的碳形成雙鍵，該碳隨即因此和隔壁 A.a. N端斷開連結離去的胺基酸基團 (右邊藍色者)，則由 His 57補上一個 H (紅色) 促進離開。4. H2O 進入結構，被Histone的 Imidazole基搶走H形成了一個強親核OH-基，進行了跟先前Serine-OH 相似的反應機構使得胺基酸的C端氧再次攜帶負電並待在Oxyanion pocket中結構再次因為O-不安定而解開，創造出羧酸鹽(carboxylate)和Serine的OH基最後就恢復成最上面的Chymotrypsin啦R1. 通常 Serine pKa 在正常生理pH不會解離但是感謝Ser 195, His 57, Asp 102形成的催化三角 (catalytic triad)當一個Peptide進來時會擠壓His跟Asp之間的氫鍵，形成Low-Barrier Hydrogen Bond，導致之間引力更強，也使得His的pKa自7 上升到>12讓Histidine有辦法作為一個General base來拿走Serine上面的H，使其成為強親核基(所以才會攻擊人家)圖片可以參照Lehninger 8e，我是照著上面流程翻譯的...(本來有放圖片，但我怕被版權幹掉QQ)76. Which of the following describes the initial bond formation in the covalent intermediate in the reaction catalyzed by chymotrypsin?