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親和性層析法（affinity chromatography）則利用蛋白質結合親和力之差異加以分離。離子交換層析法（ion-exchange chromatography）是利用在特定的 pH 值下，蛋白質淨電荷之正負與帶電量的差異來進行純化。大小-排除層析法（size-exclusion chromatography），也稱為膠體過濾法（gel filtration，，是利用蛋白質大小之差異進行分離。